知网查重是指利用知网平台提供的查重工具进行文献查重，主要针对学术论文、期刊等文献进行查重比对，确保文献的原创性和学术性。而校内查重则是指学校或机构自行搭建的查重系统，用于检测学生提交的论文等作业的抄袭情况。区别在于知网查重更侧重于学术领域，而校内查重更侧重于学生作业的抄袭检测。

另外，知网查重通常需要购买知网的服务或使用学校授权，而校内查重一般由学校提供，学生可以直接使用。在使用上，知网查重的范围更广，适用于各种文献类型，而校内查重主要用于学生作业查重。因此，根据具体需求和使用场景，选择合适的查重工具至关重要。